《生物信息学》

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综述
真核生物环形RNA编码蛋白的研究进展(1)王琮;赵健;宋晓峰
合成生物学基因设计软件:iGEM设计综述(8)伍克煜;刘峰江;许浩;张浩天;王贝贝
抗癌药物作用预测计算方法的研究现状与展望(16)顾兆伟;张立忠;刘晓峰;谭先
研究论文
小鼠精子发生中环形RNA生成和功能分析(22)宋逸钒;倪挺;魏刚
蒺藜苜蓿多聚半乳糖醛酸酶基因家族的全基因组分析(31)胡龄予;伊霖晟;刘冬雪;王阳;杨欢欢;张鑫茹;杨爽;束永俊
革兰氏阳性菌蛋白结构域特征分析(39)高晓伟;李凤敏
SHCBP1:乳腺癌治疗候选靶点和潜在预后标志物(45)赵诗哲;徐佳宝;毛金校
生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤的核心基因(56)柯帅;王文波;廖红展;彭志柱;邱县生;唐慧敏;李清华;夏学巍

《生物信息学》2020年 第1期 | 宋逸钒 倪挺 魏刚   复旦大学生命科学学院 上海200438

摘　要：小鼠精子发生过程中存在大量环状RNA(circRNA,circular RNA),其来源和功能尚不清楚。利用生物信息学手段分析小鼠精子发生过程中5个时期(精原干细胞,原始精原细胞、前细线期精母细胞,粗线期精母细胞及圆形精子细胞)的cir?cRNA,共发现3万余个circRNA。对circRNA两侧内含子中的重复序列分析发现:circRNA两侧内含子中显著富集反向互补重复序列。这些重复序列不仅包括已报道的SINE/Alu序列,还包括SINE/B2、SINE/B4、LINE/L1,LTR/ERVL?MaLR和LTR/ERVK,暗示多种类别的反向互补序列有可能参与了精子发生过程中的circRNA形成。采用sailfish?cir和maSigPro对获得的circRNA进一步定量和差异表达分析,发现5个不同时期的精子细胞中共存在409个差异表达circRNA,它们所在基因能够富集在与精子发生密切相关的功能类群上。对差异表达的circRNA进行miRNA结合预测,共发现有137个circRNA?miRNA结合位点。精子发生相关基因来源的circRNA序列中有93%含有与翻译有关的m6A基序,暗示精子发生进程中的部分circRNA有形成多肽的潜力。研究发现小鼠精子发生过程中许多circRNA具有RNA结合蛋白(RBP)结合位点,提示circRNA可能具有“RBP海绵”的潜在功能。
【分　类】 【医药、卫生】 > 基础医学 > 医用一般科学 > 生物医学工程 > 一般性问题 > 生物信息、生物控制
【关键词】 精子发生 circRNA 反向重复序列 RBP海绵
【出　处】 《生物信息学》2020年 第1期 22-30页　共9页
【收　录】 中文科技期刊数据库

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